El MCT se digiere y metaboliza rápidamente y se convierte en una fuente eficiente de energía. El MCT tiene una baja dependencia de las sales biliares y las enzimas pancreáticas y se hidroliza fácilmente en el intestino a una velocidad seis veces mayor que la del LCT, con la hidrólisis más rápida ocurriendo en 3 horas y la hidrólisis completa ocurriendo en 10 horas. Se absorbe en el duodeno como glicerol y MCFA. Se absorbe en el duodeno en forma de glicerol y MCFA, que se une a proteínas claras y se transporta directamente al hígado a través de la vena porta, lo que resulta en una rápida producción de energía. Al mismo tiempo, el MCFA puede entrar directamente en las mitocondrias de los hepatocitos para una oxidación rápida y completa, y su metabolismo oxidativo y tasa de conversión en el hígado es casi el mismo que el de la glucosa y no es fácil que se acumule en el tejido adiposo y el tejido hepático.
En ausencia de lipasa pancreática o sales biliares, los ácidos grasos de cadena media (AGCM) pueden absorberse, mientras que los ácidos grasos de cadena larga no. Esta característica es importante en animales jóvenes y enfermos (donde la lipasa pancreática y las sales biliares no se secretan en cantidades suficientes).
